微生物是水生态系统中的重要类群，它们既是生产者、消费者，也是作重要的污染物降解者，不同类型的微生物制剂包括水剂和粉剂在水产养殖过程中已被广泛应用，其应用效果已被公认。
我司从不同淡海水生态环境中分离、选育了不同类群的微生物，包括自养、异养的微生物。从中筛选出高效、安全的菌株可用于水产养殖全过程中，包括育苗期的开口饵料、养成期的添加剂、养殖过程中去除污染物、改善水质、减少疾病和用药，提高产品质量等，并取得了良好效果。
益生菌作用的机理归纳如下：
1.益生菌是鱼虾的天然饵料：以光合细菌为例，它们的细胞富含蛋白质，包括各种人和动物必需的氨基酸，维生素和多种生理活性物质，具有促进生长繁殖的作用，是优质的开口饵料，提高出苗和成苗率，而且还可以促进其它饵料生物的繁殖。
2.增强养殖动物的免疫能力：关于激活动物机体免疫功能的物质已有不少研究报道。如链聚葡糖、几丁质、乳清肝褐质、左旋咪唑、维生素类、生长激素、催乳激素等都对鱼虾有免疫激活效应，被认为是免疫激活因子。这些物质能激活吞嗜细胞的功能，增强机体对疾病的抵抗力。免疫激活剂中许多来自微生物细胞成分或代谢产物。如丁酸梭菌细胞、耐盐无色杆菌细胞、某些弧菌细胞、ß-链葡聚糖、肽聚糖、脂多糖等以及一些细菌和真菌的代谢产物。例如光合细菌细胞含有多种维生素，保持机体正常代谢功能。如类葫萝卜素不仅能予防因缺乏维生素A引起的疾病，同时能增强免疫功能。
3.益生菌对病原菌的拮抗作用：自然界中拮抗现象是很普遍的，拮抗作用可以通过不同的途经来实现。
（1）营养竞争：通过营养竞争使病原受到抑制，许多生物都需要铁，在动物组织中有无足够可利用的铁往往是某些病原能否为害的重要条件。如荧光假单胞菌抑制杀鮭气单胞菌是竞争游离铁的结果，一些假单胞菌和芽孢杆菌对鱼病原的抑制作用都与运铁蛋白有关，用纯化的运铁蛋白模拟也部分印证了弧菌对大菱鲆幼苗的益生作用。
（2）抑制物质：通过益生菌产生的抑制物质如有机酸、过氧化氢等抑制病原。在淡水中分离的细菌如乳酸菌、乳杆菌、芽孢杆菌等对鱼病原菌都有一定的抑制作用。
（3）抗菌物质或溶菌物质：据研究从浮游植物中分离的细菌株约有60%以上有溶藻作用；从海洋中分离的细菌有75%的菌株产生抗菌物质，这些菌株大多属于假单胞菌属和弧菌属。从虾苗场分离的弧菌还对某些鱼病毒有抑制作用，提示了在鱼病毒病生物防治的可能性。
（4）附着位点竞争、抵御病原的入侵：通过附着位点的竞争使病原无处立足来抵御病原入侵，因此，细菌进入体内后能否在体内维持较长时间，不仅是判断益生菌的一个重要指标，也是它们与病原微生物竞争的必要条件。不同微生物在动物体内定殖的能力不同。土生土长的肠道细菌特异地粘附于肠粘膜上，由皮肤和粘膜上分离的细菌在肠道粘膜上附着能力就相当差。弧菌在鱼和牡蛎体内可生存数天或数周；乳酸菌也可在幼苗和鱼种肠道中生存几天；酵母在虹鳟鱼肠道中可维持较长时间。
4.改善环境：在水产养殖环境中，因投饵、施肥、施药和养殖动物的排泄物及动植物的残骸等，导致过多的有机物、药物和氮、磷等营养盐类积存水体或底泥中，其结果往往造成水体富营养化，出现藻华，水质恶化，导致疾病丛生。水环境中的这些有害物质主要依靠微生物的分解转化。益生菌类如芽孢杆菌有很强的分解能力，能将大分子分解成小分子，成为植物和其它生物所能吸收的形态，转变为无害的物质，净化环境。又如光合细菌能利用有机酸、醇类小分子物质，转化氨氮、亚硝态氮和硫化氢等有毒物质，在养殖水体的净化中起着十分重要的作用。它们都是水产养殖中广泛应用的益生菌种类。将不同微生物种间科学配伍，使它们协同作战，可望达到最佳效果。
益生菌在水产养殖中能够净化水体、预防疾病、促进生长且安全、环保,是抗生素的理想替代品,具有重要的研究价值和广阔的应用前景。但是，这类微生物制剂（水剂和粉剂）都存在水体中易流失，或在换水时流走的问题，需要不断添加，增加了养殖成本；还因为微生物处于水体生态系食物链的底端，是其它生物的天然饵料，常被吞噬，使其应用效果大打折扣；微生物水剂或粉剂更不适应流水养殖环境。
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